До образования самостоятельной Кубанской епархии Кубанское духовенство подчинялось в определенные периоды нескольким епархиям.

От начала переселения черноморских казаков на Кубань (1792-1794 гг.) в церковном отношении они оставались на попечении епископов Екатеринославских и Херсонеса Таврического.

С 1799 по 1820 гг. Кубанское духовенство непосредственно подчинялось Астраханской епархии.

Далее были образованы епархии Донская и Кавказская, а затем Новочеркасская и Георгиевская, куда входила Кавказская область с войском Черномории.

4 апреля 1842 года Святейшим Синодом была учреждена самостоятельная Кавказская епархия, и ее епископу было повелено именоваться «Кавказский и Черноморский».

Духовенство Кавказского линейного казачьего войска было подчинено этой епархии, а духовенство закубанских станиц передано в подчинение главного священника Кавказской армии. Епископ стал титуловаться с 30 июля 1867 года «Кавказским и Екатеринодарским».

В 1885 году произошло разделение Кавказской и Екатеринодарской епархии. Приходы Тверской области и Северной Осетии отошли к Владикавказской епархии, а Черноморского округа (с1896 г. — губернии) — к Сухумской епархии Грузинского экзархата.

Основная часть бывшей Кавказской епархии, включавшая территорию Кубанской области и Ставропольской губернии, определилась в Ставропольскую епархию.

Начало образования самостоятельной Кубанской епархии было положено в 1916 году Указом Святейшего Синода от 30 сентября о наделении викарного епископа Ейского викариатства особыми полномочиями и Указом от 12 октября 1916 года о наименовании викарного епископа — Кубанским и Екатеринодарским.
От 21 декабря 1907 г. епископ Кубанский и Екатеринодарский получил самостоятельность в управлении духовенством и приходами вверенной части Ставропольской епархии и свою особую печать.

Окончательное преобразование Кубанского викариатства в самостоятельную епархию произошло в мае 1919 года на Южно-Русском поместном соборе (г.Ставрополь), принявшем определение «о признании выделения Кубанского викариатства из Ставропольской епархии неотложно необходимым».

18 июня 1919 года Указом № 10 Временного Церковного управления на Юго-Востоке России было приведено в исполнение соборное определение. В нем записано: «Преобразовать Кубанское викариатство в самостоятельную епархию с оставлением наименования преосвященного — Епископом Кубанским и Екатеринодарским.

Как следует из архивных документов, Император Николай Александрович Романов пребывал в Екатеринодаре дважды. Первый раз — 21 сентября 1888г, будучи еще Цесаревичем и Атаманом всех казачьих войск России вместе с Августейшими отцом и матерью. Второй раз — 24 ноября 1914 г. по пути на Кавказский фронт. Государь побывал на богослужении в войсковом во имя Святого Благоверного Великого князя Александра Невского соборе, после направился к раненым воинам в городскую больницу ( нескольких воинов, отличившихся в сражениях, Государь наградил медалью «За храбрость» на Георгиевской ленте). После посещения раненых воинов Император встретился с воспитанницами Кубанского Мариинского женского института и воспитанницами Войскового Шереметевского женского приюта. Через полчаса Государь был уже на железнодорожном вокзале и поднялся в вагон поезда, который взял курс на Тифлис.

На Кубани в начале ХХ века всего в трех соборах и 360 приходских церквах служило 377 священников, 152 диакона и 366 псаломщиков.

В период богоборчества после революции 1917 года Русская Православная Церковь на Кубани разделила горькую участь и судьбу Российской Церкви. Кубань Православная прославилась подвигом добрым и исповедничеством лучших своих сынов из среды пастырей.

Из сонма погибших в годы гонений до 1919 года сегодня прославлены в лике святых русских:

— священномученик Михаил Лекторский;

— священник Григорий Троицкий;

— священник Андрей Филиппович Ковалев;

— священник Григорий Яковлевич Конокотин;

— священник Иоанн Иоаннович Яковлев.

Были уничтожены лучшие уникальные памятники храмового зодчества.

В Екатеринодаре разрушены до основания главный войсковой казачий собор св.блгв. князя Александра Невского и прекрасная церковь Введения во храм Пресвятой Богородицы.

Обезглавлены и превращены в овощные хранилища и хозяйственные базы другие екатеринодарские храмы вместе с кафедральным собором. Лишь Георгиевский храм миновала горькая участь поругания. Этот удивительный храм никогда не закрывался и даже период обновленчества не коснулся его.

Так было по всей Кубани.

Уничтожены все монастыри.

Годы 60-е во многом довершили расправу над церквами.

В 1987 году, ко времени вступления на Екатеринодарскую (Краснодарскую) кафедру епископа Исидора (ныне митрополита) в епархии насчитывалось всего лишь 76 православных приходов, большинство из которых имели вместо церквей — молитвенные дома.

Не щадила революционная власть в казачьем крае и жителей. С особой жестокостью расправлялась с ненавистным для нее казачеством, «обладавшим по ее мнению царскими привилегиями и полномочиями».
Период расказачивания, последующей депортации и коллективизации нанес страшный удар по казачьему сословию. Над десятками станиц был занесен кровавый меч и изгнание из отчих пределов.

Только за 1920 — 1922 годы число коренных жителей сократилось на 32 тысячи человек.

А продразверстка и искусственно созданный поборами и грабежами голод завершили «красный поход» против богатейшего на Юге России края и народа его.

Ныне казачество уже отметило 14-летие реабилитации и восстановлено в правах как сословие и неотделимая часть Державы Российской.

С момента празднования 1000-летия Крещения Руси настал желанный поворот к духовности и начало возрождения всей полноты церковной жизни. Процесс этот стремительно пошел и продолжает развиваться.
К началу 2006 года Екатеринодарская и Кубанская епархия имеет в своем составе 25 благочиннических округа, 378 приходов, 503 священнослужителей, из них священников — 448, диаконов — 55.

Воссоздан в величии и красоте войсковой казачий собор св.Александра Невского в начале улицы Красной, а на месте его прежнего основания ныне красуется одноименный храм-часовня.

Развивается монашество.

Монастырей в Екатеринодарской и Кубанской епархии числится — 7 (мужских — 2, женских — 5).

— Свято-Духов мужской монастырь. 353700, г.Тимашевск, ул.Дружбы, 1;

— «Крестовая пустынь» мужской монастырь. 354538, пос.Н.Солох-Аул, Лазаревский район, ул.Кошмана, 10;

— Марие-Магдалинский женский монастырь. 352725, ст. Роговская, Тимашевский район, ул.Кирова, 162;

— Свято-Успенский женский монастырь. 353150, г.Кореновск, ул.Красная, 104;

— Троице-Георгиевский женский монастырь. 354000, Адлерский район г.Сочи, ул.Мира, 25;

— Женский монастырь иконы Божией Матери «Нерушимая Стена». 352690, г.Апшеронск, ул.Юдина, 4;

— Женский монастырь иконы Божией Матери «Всецарица». 350040, г.Краснодар, ул.Димитрова, 146/1.

Созданы и успешно функционируют православные учебные заведения.

Православно-социальный институт в городе Армавире отметил 10-летие с момента основания.Институт располагает факультетами: богословским, православной журналистики, юриспруденции, экономики.
В 2005 году открыта аспирантура.

Готовится к открытию в 2006 году Екатеринодарское духовное училище.

Имеются общеобразовательные православные школы:— школа при храме Рождества Христова в г.Краснодаре отметила 10-летие;
— школа имени св. блгв. князя Александра Невского в г.Курганинске;
— школа «Фавор» в пос.Мостовском;
— школа «Преображение» в г.Анапа,
— кадетский казачий корпус в Краснодаре.

На Кубани есть известные почитаемые места.
В поселке Горном Крымского — источник (кладезь) старца Феодосия Кавказского.
Источники Крымского района (в Грушевой балке): «Святая Ручка», св.Целителя Пантелеимона, Казанский.
Знаменитый и широко известный источник св. Пророка Илии в станице Куринской (хутора Городок) под Хадыженском в Апшеронском районе.
Источник Параскевы Пятницы в станице Стародеревянковской.

В кафедральном граде в храме Рождества Христова чудесным образом проявила себя икона «Царственных страстотерпцев» (царской семьи), где на стекле проявилось четко до мельчайших деталей изображение. Образ глубоко почитается жителями.

В женском монастыре в честь иконы Божией Матери «Всецарица» в храме имеется список с чудотворного образа Божией Матери «Всецарица», привезенный из Ватопедского монастыря Святой Горы Афон.

В Михаило-Архангельском храме станицы Нововеличковской Динского района имеется чудотворный образ обретенной иконы Божией Матери «Знамение», от которого многие недугующие получают помощь и исцеление.

В городе Апшеронске в Богородицком женском монастыре «Нерушимая Стена» находятся несколько мощевиков с редкими частицами святых мощей, числом 60, среди которых: св.ап.Андрея Первозванного, св.прав. Анны Пророчицы, вмч.Пантелеимона, вселенских святителей Василия Великого, Иоанна Златоуста, Николая Чудотворца; свв.прп. Соловецких; Киево-Печерских и многих других великих святых.

В том же монастыре имеется подаренная уникальная коллекция икон бывшего краснодарского антиквара Владимира Цаликова (письма конца XVIII- начала XIX века): «Неопалимая Купина» (освященная на Святой Горе Афон в 1908 году), образ Божией Матери «Казанская», св.пророк Илия (редкое изображение), Серафим Саровский чудотворец, св.равноап. княгиня Ольга и св. вмч.Параскева Пятница.

Адреса главных храмов епархии:

— Свято-Екатерининский кафедральный собор. 350000 г.Краснодар, ул.Коммунаров, 52;
— Свято-Троицкий собор. 350000, г.Краснодар, ул.Фрунзе, 65;
— Войсковой собор св.блгв. князя Александра Невского. 350000, г.Краснодар, ул.Красная, 1
— Свято-Георгиевский храм. 350015, г.Краснодар, ул.Седина, 170;
— храм Рождества Христова. 350089, г.Краснодар,Рождественская набережная, 1;
— храм иконы Божией Матери «Всех скорбящих Радость». 350000, г.Краснодар, ул.Красная, 103;
— Свято-Ильинский храм. 350000, г.Краснодар, ул.Октябрьская, 149;

— Свято-Успенский собор. 353907, г.Новороссийск, ул.Видова, 26;
— Михаило-Архангельский собор. 354000, г.Сочи, ул.Москвина, 12;
— Свято-Троицкий собор. 352905, г.Армавир, ул.Луначарского, 185;
— Свято-Онуфриевский храм. 353440, г.Анапа, ул.Гребенская, 82;
— Свято-Вознесенский храм. 353470, г.Геленджик, ул.Первомайская, 4;
— Свято-Троицкий храм. 353272, г.Горячий Ключ, ул.Советская, 100;
— Свято-Михайловский храм. 353680, г.Ейск, ул.Краснофлотская, 12;
— Свято-Вознесенский храм. 352430, г.Курганинск, ул.Первомайская, 3;
— Свято-Успенский храм. 352500, г.Лабинск, проезд Кольцевой.7;
— Свято-Успенский храм. 353560, г.Славянск-на-Кубани, ул.Запорожская, 38
— Крестовоздвиженский храм. 352800, г.Туапсе, ул.Ленских рабочих, 7.